| エピジェネティクスとは？ | |
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| Hpa II認識部位のゲノムでの分布と数 | |
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サンプル間で（１）Hpa IIによる切れ具合の差、すなわちメチル化の差は以下のようにして検出します。比較するサンプルをともにHpa II消化した後、アダプターを付加し、アダプターのプライマーでPCRを少しのサイクルおこないます(1st PCR)。この段階でメチル化されていたために切れなかったHpa II (Msp I)認識部位のみが断片の内部に残っています。そこでMsp I消化した後、さらにPCRを行うと(2nd PCR)これらのメチル化されていた断片は増幅せず、メチル化されていない断片のみが増幅することになります。このようにしてサンプルから増幅したDNAをそれぞれCy3とCy5でラベリングして遺伝子の転写調節領域をのせたマイクロアレイにハイブリダイゼーションし、蛍光強度の比をとることによりHpa IIによる切れ具合の差を測定します。一方メチル化の差の信頼性の判断に用いる（２）Msp Iによる切れ具合の差は最初のステップにMsp I消化を行うほかはまったく（１）Hpa IIの場合と同じ操作を行い、蛍光強度の比をとります。実際にサンプル間にメチル化の差があるかどうかは（１）Hpa IIによる切れ具合の差と同時に（２）Msp Iによる切れ具合の差を比較することにより統合的に判断します。例えば多型があるような場合はHpa II, Msp I両方の差が同じようにみられるので、メチル化の差はないと判断できます。もしHpa IIのみで差がみられMsp Iではみられなければ、実際にメチル化の差があると判断できます。
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| 問い合わせ先 群馬大学生体調節研究所附属 生体情報ゲノムリソースセンター 畑田出穂 hatada@gunma-u.ac.jp |
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